沃特世蛋白质离子交换色谱柱IEX分离一般通过提高盐浓度、改变pH或同时提高盐浓度和改变pH实现，低电荷态的蛋白质分子会比高电荷态的蛋白质分子更早洗脱。根据目标蛋白质类型和分离的pH不同，应选择阴离子或阳离子交换剂用于分离。此外，梯度持续时间、缓冲液组成和pH、流速以及分离温度都是分离目标蛋白质的重要影响因素。

沃特世肽分析离子交换色谱柱离子交换色谱基于电荷差异进行肽分离，与传统的反相色谱相比，更适合需要不同/正交分离机制的分析。通常情况下，采用盐浓度不断增加的梯度进行分离，体积较小且所带电荷较少的肽会在较长的肽片段之前洗脱。与反相肽分离不同，洗脱液的pH会显著影响分离，因此需要进行方法开发以获得满意的色谱结果。

沃特世肽分析反相色谱柱使用离子对试剂（如TFA和甲酸）的反相色谱可以在复杂多肽混合物（例如胰蛋白酶蛋白质酶解物或长链合成肽序列，这些肽的序列差异可能仅仅在于个别氨基酸）的分析中实现高效分离。通常，肽的疏水性决定了洗脱顺序，疏水性Z小的肽将首先洗脱出来。

沃特世SEC肽分析液相色谱柱体积排阻（又称凝胶过滤）色谱基于蛋白质在溶液中的体积（流体动力学半径）而不是分子量对其进行分离，体积较大的物质会在体积较小的肽之前洗脱。这种等度洗脱技术的主要驱动机制基于填充柱中SEC颗粒的孔径和体积。随着目标肽的分子量增大，应选择颗粒孔径相对较大的SEC色谱柱。与其它生物分离一样，在要求极为严苛的应用中，相较于基于HPLC的色谱柱，使用粒径更小的UPL

沃特世游离寡糖分析色谱柱：分析由大量相似和重复糖基组成的复杂N-糖和O-糖时，需要采用具有高分辨率的色谱方法。亲水作用液相色谱（HILIC）法可使用填充有沃特世酰胺键合、亚乙基桥杂化 （BEH）颗粒技术的UPLC、HPLC或UHPLC色谱柱，根据不同的疏水性来分离化合物。

沃特世nanoACQUITY UPLC液相色谱柱：nanoACQUITY UPLC®捕集柱、纳升级色谱柱以及毛细管色谱柱是专门为Waters nanoACQUITY UPLC/MS联用系统设计的。 提供多种不同的色谱柱化学，包括1.7 µm颗粒的BEH，130Å 和300Å C18填料颗粒： 新型的柱过滤片设计保证色谱柱有非常好的使用寿命 *的接口，有效保持良好的分离性能

沃特世ACQUITY UPLC M-Class液相色谱柱：ACQUITY UPLC M-Class色谱柱专为Waters ACQUITY UPLC M-Class系统以及纳升级至微升级液相色谱分离而设计。使用经优化的亚2 μm颗粒，提供Z大样品回收率和Z佳色谱分离度。

沃特世MassPREP在线脱盐小柱MassPREP微型脱盐小柱含有聚合物反相填料，适用于质谱分析之前的蛋白样品脱盐。这些在线装置中的苯基相填料能够成功保留蛋白质，并且在蛋白洗脱液进入质谱前将盐冲洗到废液中。采用*的LC/MS方法可使循环时间缩短至4分钟。